成大醫院臨床醫學研究中心電子報
第五期 2023.03.
研究服務公告
『成大醫院人體生物資料庫』起始成立於民國91年01月01日，一開始是當時國科會補助下成立的「基因體醫學國家型科技計畫-南部腫瘤組織銀行核心設施」；民國98年05月01日計畫結束後，在醫院的支持下持續運作，並正式編制於成大醫院病理部內，更名為『成大醫院組織銀行』；民國99年08月01日再由當時衛生署『建置卓越癌症研究體系』計畫下補助部分人員及設備，進一步更名為「組織銀行與生物資訊核心實驗室」，變更編制隸屬於本院臨床醫學研究中心；民國102年08月19日獲衛福部設置許可，正式更名為『成大醫院人體生物資料庫』。
本人體生物資料庫成立的主要目標為協助醫學研究人員進行癌症研究。因此，收錄的檢體均來自於本院治療之癌症病患，資料庫的運作內容包含組織及血液檢體的蒐集，相關臨床資訊的整合，並提供多項與組織研究相關之服務項目；在本院人體試驗委員會(IRB)與人體生物資料庫倫理委員會(EGC)的雙重把關下，檢體及相關資訊方能以去連結方式轉交給申請之研究人員，提供一個保障病人隱私並能合法協助醫學研究人員取得研究檢體的管道，進而對癌症研究領域作出實質的貢獻。
目前本資料庫蒐集13種癌症檢體，病灶種類百分比分佈如下圖所示:
研究委託代檢服務項用如下:
1.生物檢體提供：
本資料庫收集檢體以惡性腫瘤為主，包含大腸直腸癌、肝癌、胃癌、肺癌、胰臟癌、乳癌、壺腹癌、子宮頸癌、卵巢癌、口腔癌等。
2.檢體包埋與切片:
提供石蠟檢體的脫水、包埋、切片以及冷凍檢體之切片服務。
3.組織晶片儀：
將不同來源的組織依照需求放在同一個蠟塊裏，一次染色就可觀察許多檢體，減少抗體消耗量及染色時間。實驗室備有1.0 mm、1.5 mm、2.0 mm三種不同大小直徑供申請者選擇。
4.雷射顯微切割儀：
雷射顯微切割可在顯微鏡底下利用雷射擷取特定組織，擷取後的組織可做後續DNA、RNA萃取。本實驗室之機種可做活體細胞及螢光染色反應之實驗。
5.免疫及特殊化學染色：
免疫染色以Bond-max自動化免疫染色機染色，每次條件固定排除人為因素，使染色品質一致。
人體生物資料庫諮詢分機: 4600、4848
顧問研究員: 蔡弘文副教授
技術人員: 王妙如、於國華、王素明、施雅云
主題介紹
組織切片為病理診斷與研究提供重要的資訊，但組織切片檢體內的複雜度、密集度、異質性、完整度等皆影響著判讀的準確度，本期的主題全景組織體細胞定量分析儀(TissueFAX系統)，將組織切片影像數位化，結合細胞辨識科技和類流式細胞儀的分析模式去蕪存菁，得到組織細胞更精確的定量資訊，將可提供精確可靠的研究分析與病理診斷。歡迎大家至中心的光學影像核心實驗室諮詢討論並預約代檢與使用。
下一期電子報主題為CyTOF質譜流式細胞分析技術，為利用質譜原理進行單細胞多抗原檢測的高通量流式細胞分析技術，避免螢光標記光譜重疊的缺陷與自體螢光的干擾，其為新一代的細胞偵測技術，敬請期待。
尚博生物科技有限公司 技術長 楊利君
最近這20年間，生物影像分析的發展有駐足的成長，逐漸從傳統的定性，前進到了半定量分析，甚至達到單細胞水準，來自奧地利的TissueGnostics公司專利研發的TissueFAXS系統，是整合了流式細胞術與影像分析優點的自動化掃瞄分析平台，能大幅降低高階影像分析的門檻，其工作流程如圖一所示。
圖一、類流式全景組織體細胞掃描定量分析系統工作流程: 1. 快速樣本預覽；2. 選擇放大倍率；3. 自動對焦；4. 自動影像拼接；5. 圈選特定組織；6. 影像失焦修正；7. 專利訊號拆解；8. 類流式定量。
TissueFAXS全景影像自動掃描成像：
TissueFAXS Plus系統以Zeiss高階自動化螢光顯微鏡Axio Imager Z2 為基礎，配合大型高精度自動掃描台以及高解析相機，透過TissueGnostics公司設計優化的程控整合軟體，進行玻片的全自動影像獲取設備。一般而言，1 cm2面積的穿透光樣本，在200倍放大率下，約可在1分鐘內完成全景掃描，而相同面積的螢光樣本，在4色複染的狀態下，以200倍放大率進行掃描，約可在8分鐘內完成全景影像獲取 (圖二)。
圖二、螢光掃片拼接全景影像的樣本。
TissueQuest/HistoQuest全景組織影像分析：
在單細胞分析水平的基礎上，標示細胞用的counter stain是不可或缺的必要染色，用以計數細胞並標定位置，同時輔以目標蛋白的marker stain，便能達到各個細胞進行獨立量化的可能。HistoQuest免疫組織化學定量分析軟體具有專利設計的演算法，能實現單鍵操作，自動將複染的免疫化學呈色的檢體進行拆色(圖三)。
圖三、淋巴球浸潤的腫瘤組織，以Hemalaun-Blue標定細胞核，並以Anti-CD3-Fast Red標定T細胞，透過HistoQuest自動分色演算法，能夠從RGB疊加的彩色影像中拆分出細胞和單染的藍色影像，同時也分離出CD3的紅色影像，以利提升後端定量的精準度。
在單細胞分析的條件中，每一個counter stain標示的物件，都必須被軟體自動辨識並圈選，這個過程稱為Cell Segmentation。TissueGnostics專利設計的細胞辨識演算法，能針對細胞型態，大小，邊緣特性，狹長程度，染色深淺以及前景背景差異等十數個條件進行評估，有效率的在複雜的組織樣本中進行單細胞圈選，並透過專利動態演算邏輯，主動偵測標定細胞之細胞核/質/膜以及亞細胞顆粒(圖四)，大幅提升組織樣本中單細胞分析的精確度，正式將病理切片分析由傳統的定性邁向定量的水準。
圖四、複雜的組織樣本中的演算邏輯與細胞標定。
樣本經過segmentation圈選標定後，便會根據其成色深淺(IHC/IF)以灰階色進行量化，包含強度，形態等統計參數共計18種，最後依照使用者定義繪製數據結果。TissueFAXS系統特別以流式細胞術分析的概念，將各個細胞條列式數據檔案以二維散點圖或是單參數組織圖呈現，可以清楚看見樣本之間的差異(圖五)。同時也可在影像與數據間來回確認，也能透過反向圈選了解目標細胞群在實體組織中分布的狀態，進而實現組織樣本原位分析的精神(圖六)。另外，使用流式細胞術的數據呈現方式可進行布林邏輯序列圈選，將複雜組成的物件加以分類篩選，使分析更加精準(圖七)。
歡迎各位同仁使用TissueFAXS系統進行數位化病理及高內涵細胞分析，以流式的語言訴說您的生醫影像裡豐富的故事！
圖五、結果以流式細胞術分析的概念，其細胞依條列式數據檔案以二維散點圖呈現。
圖六、影像與數據間能以反向功能來回確認，實現組織樣本原位精神。
圖七、複雜的組織能以布林邏輯序列圈選，將複雜組成的物件加以分類篩選。
全景組織體細胞定量分析儀(TissueFAXS system、TissueQuest、HistoQuest)服務，有興趣的同仁請洽:
臨醫中心技術員：蕭雅純 小姐 (分機3115)
光學影像核心實驗室 門診大樓6樓6039室
臨醫中心活動公告
【iMED@NCKUH第二十七場】112.03.03 (五) 12:00-13:00，講師:護理部 陳嬿今 副護理長；主題:「尋夢的勇氣:橫越太平洋的睡眠之旅」。臨醫中心與您Facebook線上有約。
【數位課程公告】感謝各位參與112.02.10 (五) 12:00-13:00中心舉辦的「醫學研究倫理系列演講_孫以瀚特聘研究員-自我抄襲 文字再使用的界線」；錯過的同仁趕快登錄本院數位學習系統(https://elearning.hosp.ncku.edu.tw/Default.aspx)可進行聽講喔!! 進入臨醫中心網頁可獲得課程講義資訊。
【儀器教育訓練/推廣公告】112.03.29 (三) 9:00-12:00、13:30-16:00醫學院一樓成杏廳，臨醫中心與醫學院核心實驗室合辦“成大醫學中心核心實驗室基礎儀器教育訓練/推廣”課程，敬請大家注意相關訊息並踴躍報名參加。
核心/共同實驗室教育訓練課程
近期儀器訓練課程:
臨醫中心網頁報名 (https://crc.hosp.ncku.edu.tw/index.php?modify=course)
03月03日 Thermo石蠟包埋機、石蠟切片機、細胞離心機訓練課程
03月07日 iBrightTM FL1000 影像系統儀器訓練課程
03月16日 ABI StepOnePlus Real-Time PCR儀器訓練課程
03月16日 全景組織體細胞定量分析儀實機操作示範
03月23日 NIS活細胞長時間影像系統
03月25日 蛋白質液相層析系統(FPLC)儀器訓練課程
03月29日 成大醫學中心核心實驗室基礎儀器教育訓練/推廣課程
成大生醫光學影像核心平台 (https://bioimage.med.ncku.edu.tw/index.php?modify=course)
03月10日 倒立與水平對射式雙收光片層光顯微鏡(Light sheet)儀器說明課程
院外計畫徵求訊息
徵求財團法人國家衛生研究113年度整合性醫藥衛生科技研究計畫，申請日期自即日起至民國112年3月31日(五)下午4時止。
| 姓名 | 現職 | 論文題目 | 期刊 |
Impact Factor |
|---|---|---|---|---|
| 陳柏全 |
外科學科 臨床助理教授 外科部直腸外科 主任 外科部直腸外科 主治醫師 |
HER2 amplification in colorectal cancer with brain metastasis: a propensity score matching study. | Eur J Cancer. 2022 Dec 27; 181:62-69. | 10.002 |
| 劉怡佳 |
職能治療學系 兼任講師 精神部 職能治療師兼組長 |
Occupational evaluation of community-based psychiatric rehabilitation outcomes in individuals with severe mental illnesses: A ten-year retrospective study. | Asian J Psychiatr. 2023 Jan 6; 81:103450. | 13.89 |
| 連偉志 |
復健學科 臨床助理教授 復健部 主治醫師 |
Therapeutic potential of nanoceria pretreatment in preventing the development of urological chronic pelvic pain syndrome: Immunomodulation via reactive oxygen species scavenging and SerpinB2 downregulation. | Bioeng Transl Med. 2023 Jan; 8(1):e10346. | 10.684 |
| 李南瑤 |
內科學科 教授 感染管制中心 主任 內科部感染科 主任 內科部感染科 主治醫師 |
Integration of antimicrobial stewardship intervention with rapid organism identification improve outcomes in adult patients with bloodstream infections. | J Microbiol Immunol Infect. 2023 Feb; 56(1):57-63. | 10.273 |
學研活動相關訊息
112.02.11-12醫學院研究日(Graduate Research Day)：
成功大學醫學院為提倡學術研究風氣，獎勵研究生從事醫學研究工作，提升學術研究水準，特舉辦醫學院研究日，邀請院外專家蒞臨演講，遴選表揚優秀論文。鼓勵全院學生參與聽講，促進同儕觀摩學習及相互激勵。恭喜2023醫學院研究日各組競賽獲獎之研究生。
112.05.27-28台灣醫學會112年春季學術演講會將於成大舉辦，敬請同仁注意相關訊息並踴躍報名參加。
敬請同仁於使用臨醫中心資源並發表論文時，於論文致謝欄（Acknowledgement）加註致謝臨醫中心並通知儀器管理員。致謝文句請參考以下範例：We thank the staff of Clinical Medicine Research Center, National Cheng Kung University Hospital for the technical support.